Croatie, 1989. Dans un bourg de la côte dalmate, Silva, 17 ans, disparaît durant la fête des pêcheurs. L'enquête menée par Gorki Sain fait émerger un portrait complexe de cette jeune fille qui prenait et revendait de la drogue. Quand le régime de Tito s'effondre, l'inspecteur est poussé à la démission et l'affaire classée. Seule la famille de Silva poursuit obstinément les recherches. À travers ce drame intime et la quête de la vérité par la famille, L'Eau rouge déploie dans une grande fresque les bouleversements de la société croate : chute du communisme, guerre de 1991 à 1995, effondrement de l'économie et de l'industrie, statut des vétérans de guerre, explosion de l'industrie touristique et spéculation foncière, investissements étrangers et corruption... Ou comment les traumatismes de l'Histoire forgent les destins individuels.