Au printemps de sa deuxième année de lycée, Ren Amamiya intègre le lycée Shûjin. Suite à un évènement étrange, la Persona de Ren s’éveille. Il fonde avec ses nouveaux compagnons l’organisation des « Voleurs Fantômes ». Ensemble, ils combattent et corrigent les cœurs corrompus et pervers des adultes. Mais bientôt, d’incontrôlables esprits se mettent à sévir à Tokyo. Tout en poursuivant tant bien que mal leur quotidien de lycéens, les Voleurs Fantômes entrent en scène après les cours pour affronter de nouveaux périls…