L’histoire nous plonge dans le quotidien d’un jeune garçon de 12 ans : Suzuhara Sorata. Guidé par une étrange chanson, il se retrouve prisonnier d’un monde alternatif où les paysages ressemblent étonnement à ceux de l’ère Meij (1868-1912) et Taishô (1912-1926) qu’il a déjà vu dans ses livres scolaires. Dans ce monde, il rencontrera trois jeunes filles et neuf garçons et se joindra à eux pour un voyage à bord d’un mystérieux navire qui flotte dans les airs : Le Norn Ship.