Nagi no Asukara raconte l'histoire de deux collégiens : Manaka Mukaido et Hikari Sakishima. Manaka est une pleurnicheuse de première et Hikari, son ami d'enfance, passe son temps à prendre soin d'elle. Ils ont cependant une petite particularité : ce sont des humains vivant au fond de la mer. Eux et leurs amis, Chisaki et Kaname, s'apprêtent désormais à intégrer le collège à la surface de la terre.