Le jeune Keiichi Maebara emménage dans une nouvelle maison au cœur du paisible village d'Hinamizawa. Arrivé au moment du plus grand festival de l'année, il sympathise rapidement avec des filles de son école. Mais quelque chose semble clocher dans cette petite ville isolée… Keiichi se sent de plus en plus angoissé, ignorant totalement d’où lui vient ce sentiment. Quels sombres secrets les villageois pourraient-ils cacher ?