Dans un lointain futur, la Terre est en ruine et l’humanité s’est retranchée dans une ville fortifiée mobile, Plantation. Un quartier est dédié à la formation de jeunes pilotes qui ne connaissent rien du monde extérieur. Leur seul but dans la vie est d’apprendre à piloter des robots, les Franxx, afin d’affronter un mystérieux ennemi géant mais invisible.