Tout comme son prédécesseur, Yo-kai Watch 2 est un jeu vidéo de rôle en monde ouvert, dans lequel le joueur prend le contrôle du personnage Nathan Adams, ou bien de Katie Forester. Les joueurs naviguent dans le monde ouvert à l'aide de l'écran tactile de la Nintendo 3DS pour trouver et se lier d'amitié avec divers Yo-kai, disséminés à travers le monde. Les joueurs se lient d'amitié avec Yo-kai en leur donnant une nourriture qu'ils aiment avant de commencer la bataille. Après avoir vaincu le Yo-kai, celui-ci s'approche du personnage du joueur et lui donne sa médaille Yo-kai, ce qui lui permet d'être invoqué à volonté. Une nouvelle fonctionnalité des batailles consiste à utiliser l'écran tactile pour trouver un point idéal sur un Yo-kai ennemi afin d'augmenter les chances de se lier d'amitié avec lui à la fin de la bataille, ou d'autres zones pour obtenir des dégâts supplémentaires, de l'argent ou de l'expérience supplémentaire. Les yo-kai peuvent également être acquis via un Crank-a-Kai (Gasha Machine) en jeu en collectant des pièces dans le jeu ou en utilisant des Play Coins. Certains Yo-kai sont nécessaires pour terminer la quête principale du jeu, et des Yo-kai rares et spéciaux sont obtenus grâce à diverses sous-quêtes. Les Yo-kai ont la capacité d'évoluer vers des versions plus puissantes d'eux-mêmes s'ils atteignent un certain niveau, ou ils peuvent évoluer en les combinant avec des objets particuliers ou d'autres Yo-kai. Les Yo-kai sont répartis en huit classes différentes, chacune ayant ses propres forces et faiblesses. Il existe également des Yo-kai légendaires qui ne peuvent être obtenus qu'en collectant un ensemble particulier de Yo-kai répertorié dans le Médaillon Yo-kai, un recueil des différents Yo-kai que le joueur a rencontrés ou avec lesquels il s'est lié d'amitié. Lorsque le joueur rencontre un Yo-kai, il entre en bataille avec lui en utilisant six Yo-kai avec lesquels le joueur s'est déjà lié d'amitié. L'écran tactile est utilisé pendant les batailles pour alterner entre les Yo-kai du joueur au combat à volonté. Il est également utilisé soit pour effacer les effets de statut sur le Yo-kai du joueur, soit pour augmenter les capacités de l'âme du Yo-kai. Alors que la montre Yo-kai originale comptait près de 250 Yo-kai, Yo-Kai Watch 2 en compte près de 450, dont plusieurs étaient présentés comme des boss dans le jeu original.