The Legend of Zelda : Majora's Mask est une suite directe d'Ocarina of Time. Il utilise le même moteur et le même style visuel que son prédécesseur. Le jeu conserve les éléments traditionnels des jeux Zelda ainsi que ceux introduits dans Ocarina of Time, tels que le blocage actif avec un bouclier, divers objets à lancer et l'utilisation de mélodies jouées sur l'ocarina pour résoudre des énigmes. Comparé aux précédents jeux Zelda, cet épisode est davantage orienté vers l'interaction avec les PNJ et propose une plus grande variété d'objets, de quêtes optionnelles et de mini-jeux. Il comprend également un système de chronométrage qui s'étend sur trois jours, et ce cycle doit être réinitialisé périodiquement pour progresser dans le jeu.