La suite de Danganronpa : Trigger Happy Havoc. Le personnage principal, Hajime Hinata, une nouvelle étudiante de « Ultimate » à la Hope's Peak Academy. Le premier jour, Hajime et tous ses camarades de classe sont emmenés en excursion sur la mystérieuse île de Jabberwock par leur professeur de lapins anthropomorphes, Usami. Usami explique que sur cette île, les étudiants doivent s'amuser ensemble et devenir amis pour récolter des fragments d'espoir. L'excursion d'Usami ne se déroule pas comme prévu lorsque Monokuma apparaît et commence un nouveau Killing Game. Quiconque veut quitter l'île doit commettre un meurtre et s'en tirer comme il se doit. Si le meurtrier réussit, il est autorisé à quitter l'île, tandis que tous les autres sont tués. Lorsqu'un meurtre se produit, le joueur enquête. Après les enquêtes, un procès commence pour déterminer qui est le coupable.