Lourdes paraît le 25 juillet 1894, après avoir été publié en feuilleton dans Gil Blas. L'intrigue expose cinq journées d'un pèlerinage mettant en scène l'abbé Pierre Froment, personnage fil rouge du cycle. Le roman peint tout à la fois la souffrance des pèlerins dans leur foi et « le besoin de surnaturel persistant chez l'homme malgré les conquêtes de la science ». Il dénonce aussi les escroqueries à la guérison, les rivalités entre les différents courants du clergé, les Pères de la grotte assimilés à de nouveaux marchands du temple. Les réactions à la publication de Lourdes sont immédiates, la polémique lancée par Mgr Ricard est reprise et alimentée par la droite catholique. Elle aboutit à la mise à l'Index du roman et de toute l'oeuvre d'Émile Zola. Cependant, le livre remporte un succès énorme, vendu à cent vingt mille exemplaires en un mois, troisième roman de Zola le plus vendu au 1er mars 1898.